ジョナサンの闘いから４９年、ニューヨークにやってきた彼の孫ジョセフ・ジョースターは祖父とは正反対の軽い性格だが、祖父に負けない正義感の強い青年であった。アメリカに渡り財団を持つほどの資産家になったスピードワゴンは、謎の生命体(サンタナ)といくつもの石仮面をメキシコで発見するが、石仮面をストレイツォに、サンタナをドイツ軍のシュトロハイムに奪われてしまう。

仮面の力で不死身の肉体を手に入れたストレイツォによってジョセフは闘いの運命に引き込まれる。メキシコに向かったジョセフはサンタナを倒しスピードワゴンを救出するが、そこで、人間をはるかに凌駕する生命体「柱の男」の存在が明らかに。彼らは波紋使いリサリサが持つ「エイジャの赤石(せきせき)」を用いて弱点を克服し、「究極生物」になることを目指していた。

イタリアに渡ったジョセフはツェペリの孫シーザーと出会い、ふたりはリサリサの下で修行を積んだ。そして「柱の男」のひとり、エシディシからリサリサの使用人であるスージーＱを救う。強い波紋の力を手に入れたジョセフらは「エイジャの赤石」を守るべく、「柱の男」たちとの決戦に挑むのだった。